Der aej-Vorstand kann zur fachlichen Beratung der Mitglieder, zum Informationsaustausch und zur eigenen Beratung für die Dauer seiner Amtszeit Fachkreise einsetzen. Die Mitglieder der aej entsenden Fachkräfte in die Fachkreise.

Gegenwärtig arbeiten folgende Fachkreise für die Evangelische Jugend:

• der Fachkreis für Ökumene und Internationale Jugendarbeit
• der Fachkreis für Kinder- und Jugendpolitik
• der Fachkreis für die Arbeit mit Kindern 
• der Fachkreis für Konzepte und Grundsatzfragen evangelischer Kinder- und Jugendarbeit
• der Fachkreis für Nachhaltige Entwicklung
• der Fachkreis für Kinder- und Jugendfreizeiten
• der Fachkreis für Evangelische Jugend in ländlichen Räumen